TÜ Viljandi kultuuriakadeemiat juhib direktor Juko-Mart Kõlar. Direktor tagab muuhulgas kultuuriakadeemia tegevuse vastavuse arenguprioriteetidele, käesolevale põhikirjale, ülikooli põhikirjale, seadustele ning muudele õigusaktidele. Lisaks vastutab direktor eraldatud raha ja muu vara õiguspärase ja otstarbeka kasutamise eest, teostab administratiiv- ja distsiplinaarvõimu, kinnitab kultuuriakadeemia struktuuri ning vastutab õppetöö korralduse, õppetöö taseme ja eelarve täitmise eest.
Kultuuriakadeemia juhatusse kuuluvad lisaks direktorile õppedirektor Kadri Steinbach ja haldusdirektor Reevo Maidla.